Pada tahun 2015, Liga Bola Sepak Rakyat diperkenalkan oleh Persatuan Bola Sepak Malaysia. Tujuan liga ini adalah demi membuat perubahan liga tahap rendah di Malaysia dengan mempromosikan bola sepak amatur di semua daerah dan negeri di seluruh Malaysia. Oleh itu, Kuching F.A. ditubuhkan di sampingnya untuk mewakili daerah Kuching di Sarawak.

Pasukan ini menyertai Liga Bolasepak Rakyat iaitu liga yang dianjurkan oleh Liga Bolasepak Rakyat Limited Liability Partnership (LBR-LLP) dengan kerjasama Persatuan Bola Sepak Malaysia (FAM) melibatkan pasukan setiap daerah di seluruh Malaysia. Pasukan ini mewakili Kuching, serta menjadi Juara LBR edisi pertama pada tahun 2016.[1]. Pasukan ini memenangi edisi sulung dengan mengalahkan Padang Besar 3-1 di Stadium Selayang. Dengan kejuaraan ini, Kuching FA mendapat promosi automatik ke Liga FAM Malaysia 2017.

Pada musim pertama mereka di Liga FAM 2017, Kuching FA meraih tempat ke-4 dalam Kumpulan B, melayakkan pasukan ke play-off. Mereka tersingkir di peringkat suku akhir dengan UKM FC, yang kemudian mendapat promosi ke Liga Premier Malaysia 2018 sebagai finalis play-off. Musim kedua Kuching FA di Liga FAM 2018, menyaksikan mereka berada di tempat ke-4 dalam Kumpulan A, sama seperti musim sebelumnya. Malangnya, perubahan dalam kelayakan play-off menyaksikan mereka ketinggalan di peringkat kalah mati kerana hanya dua pasukan teratas dari setiap kumpulan yang dipilih. Kuching FA layak bermain di Liga FAM 2019, tetapi juga diundang oleh Persatuan bola sepak Malaysia untuk bermain di Liga Premier Malaysia 2019, ketika sejumlah pasukan menarik diri dari liga. Untuk musim 2020, pasukan ini beraksi di Liga Premier Malaysia. Pada pertengahan musim 2020, Kuching FA berubah nama menjadi Kuching City FC oleh pemilik klub (MNC Group).